Das Generalsekretariat ist Dreh- und Angelpunkt des Justiz- und Sicherheitsdepartements Basel-Stadt. Es unterstützt die Departementsleitung, stellt die Abwicklung der Geschäfte sicher, verantwortet die Belange der Kommunikation und verwaltet den Swisslos-Fonds. Die Betreuung verschiedener Themengebiete wie Häusliche Gewalt, Opferhilfe, Menschenhandel und Prostitution gehört ebenfalls zum Aufgabengebiet des Generalsekretariats. Dadurch leistet es einen wichtigen Beitrag zur Arbeit des Justiz- und Sicherheitsdepartements.